Con el estigma de la presunta infiltración de la delincuencia organizada en la corporación, los agentes de la SSPyTM fueron en su mayoría ejecutados en circunstancias nada claras. En un menor número fallecieron durante accidentes, en cumplimiento de su deber o se suicidaron.
Durante la gestión del otrora presidente Jesús Giles Sánchez se dio la primera ejecución. El 9 de abril de 2009 el comandante con clave Cebra 23 fue atacado al filo de las 14:00 horas de ese lunes, mientras resguardaba a cuatro infractores sobre la esquina convergente de las calles Humbolt y Rufino Tamayo del Centro de la ciudad capital.
Siete disparos calibre 9 milímetros desde un auto en movimiento dieron en el tórax, espalda, cadera, pie, glúteo y dos en la clavícula del oficial. Al filo de las 15:00 horas de ese mismo día falleció en la clínica del Seguro Social de la avenida Plan de Ayala.
Los responsables lograron escapar y un clima de zozobra comenzó a invadir al personal de la dependencia policial, luego de que a las 22:15 horas del día 26 del mismo mes y año fuera baleado un módulo de seguridad de la avenida Palmira esquina con Abel Quesada de la colonia Palmira.
Nuevamente, los tripulantes de un auto en movimiento descargaron varios cartuchos de R15 contra la estación policial, donde se encontraba un guardia que por fortuna resultó ileso, ya que se tiró al piso.
El 29 de abril, casi un mes después de la primera ejecución, dos oficiales más fueron asesinados y uno logró salir vivo de un ataque perpetrado a la patrulla 1223, la cual circulaba por la colonia Granjas.
En el lugar fallecieron los policías rasos Rolando Alonso Jiménez y Salvador Vázquez Vega, adscritos a la dirección de la Policía Preventiva. Más de 100 cartuchos calibres .223 fueron disparados en contra de la unidad esa noche, en punto de las 23:00 horas, por varios sujetos desde otro vehículo en movimiento.
El 28 de mayo de 2007 el oficial Aarón Mendoza González, elemento de la Policía Preventiva, pereció al recibir varios impactos de bala calibres R15, .9 milímetros y .38 súper, alrededor de las 9:15 horas en la calle Adelfa de la colonia Satélite. Su cuerpo quedó tirado a un lado de su patrulla 1257.
En esa ocasión se informó sobre un enfrentamiento entre bandas que finalmente derivaron en la muerte del uniformado municipal.
El 12 de junio Manuel Jehová Fernández Moncayo, elemento de la Policía Preventiva, mejor conocido como “El Perro Beto”; fue encontrado muerto de un disparo en la cabeza en el interior de su auto, estacionado afuera de su domicilio marcado con el número 330 de la calle Juan Álvarez de la colonia Lomas de la Selva.
Aunque se especuló un supuesto suicidio, amigos y familiares del comandante Moncayo –como lo conocían- difieren de las versiones oficiales y resaltan el hecho de que el arma de cargo fue encontrada en su mano izquierda, cuando él era diestro.
Mientras la dependencia se reponía de las bajas, el policía metropolitano con clave Alce 6, Jorge Flores Coapango, era detenido el 21 de junio por su presunta participación con otros elementos en una red de corrupción.
Fue hasta el 6 de julio cuando otra muerte cimbró la tranquilidad con la que se iniciaba la mañana. El efectivo raso Abraham Iselo Abarca se pegó un tiro en la cien, cuando estaba en la caseta de las instalaciones de la Procuraduría General la República (PGR), delegación Morelos de la colonia Chipitlán, en la calle Modesto Rangel.
Dos elementos más fallecieron durante el mes de enero de 2008. Benjamín López Pérez de la dirección de Protección Civil fue atropellado en la avenida Plan de Ayala, al terminar su jornada laboral. En tanto que un elemento de la Policía Preventiva, adscrito al programa DARE, murió en el hospital por tuberculosis.
En cumplimiento de su deber, el 13 de septiembre, dos elementos de la Policía Preventiva Metropolitana a bordo de la unidad 2796 circulaban a baja velocidad por la avenida Álvaro Obregón, cuando notaron que un taxista era arrastrado por el agua, ya que debido a una intensa lluvia la vía estaba inundada, por lo que intentaron auxiliarlo pero fueron arrastrados por la corriente hacia la barranca de Lomas de Atzingo.
Se trataba del comandante Cebra 17, Alfonso Estrada Guadarrama; y su escolta Miguel Ángel Martínez Martínez. Nuevamente la ceremonia de cuerpo presente se dio en las instalaciones de la corporación.
En el mes de septiembre Jorge Flores Coapango, quien había sido detenido en 21 de junio, logró su libertad, pero después de unos días el 11 de octubre fue encontrado ejecutado en el Estado de México, con el tiro de gracia.
Tras unos meses sin elementos muertos, el 26 de septiembre de 2009 se registró un asalto en la casa número 302 de la calle Nueva Suecia, en la colonia Lomas de Cortés, la cual marcó negativamente el final de esa gestión municipal.
Ya al frente del municipio Joaquín González Cereso y con la detención de varios jefes policiales, tres asaltantes burlaron la seguridad y a su paso mataron al policía preventivo José Santiago Morales, al director de Prevención y Rescate, con clave Fénix, José Antonio Lazcano Albavera y al bombero José Amador Herrera.
Además un comandante de la Secretaría de Seguridad Pública del estado y dos civiles. Con ello, la administración 2006-2009 dejó a su paso la muerte de 12 elementos policiales.