A sólo unos días de su detención, un juez federal dictó auto de formal prisión a Felipe Flores por el plagio de los 43 estudiantes desaparecidos la noche del 26 de septiembre de 2014. Raúl Valerio Ramírez, fue el juez que determinó que a pesar de no haber pruebas contundentes, se tenían los indicios suficientes para iniciarle un juicio al ex jefe de la policía por el delito de secuestro.

Sin embargo, por tratarse de un delito de gravedad, Felipe Flores tendrá que permanecer internado en el Penal Federal del Altiplano, mientras su juicio se lleva a cabo.

La madrugada del 27 de septiembre de 2014, la Fiscalía de Guerrero llevó a cabo interrogatorios a los agentes municipales involucrados, ahí el nombre de Flores salió a relucir, sin embargo después de rendir su testimonio el ex jefe de la policía quedó libre y se dio a la fuga.

El comandante dijo que en cuanto supo que había balazos en Iguala, le avisó al entonces alcalde José Luis Abarca, quien fue arrestado junto con su esposa el 5 de noviembre de 2014. De acuerdo con las investigaciones de la PGR, Flores Velázquez es uno de los personajes clave en el caso Iguala, porque él fue el que dio la orden para que los oficiales a su cargo entregaran a los 43 estudiantes a la organización criminal de los Guerreros Unidos.