Según la omnisapiente Wikipedia “el ADN ambiental (environmental DNA, eDNA en inglés) es ADN extraído de una muestra del ambiente (por ejemplo, una muestra de tierra del suelo, del agua, de heces, etc.) sobre el que se hacen los análisis moleculares de ADN sin diferenciarlo por organismo. Contiene típicamente el ADN de múltiples especies y muchas veces el ADN está degradado”. Sobre este concepto, un estimado colega nos comparte el presente artículo escrito por Andrea Wild, publicado el 8 de diciembre de 2023 en un boletín digital del Commonwealth Scientific and Industrial Research Organisation (CSIRO) y traducido por nosotros para este espacio. Veamos qué nos informan al respecto…
Como ya se ha precisado, El ADN ambiental (o ADNe para abreviar) es ADN que queda en el medio ambiente, como las huellas dactilares en la escena de un crimen.
Podemos recolectar ADNe en muestras de suelo, agua o aire y leer las secuencias de estos materiales presentes. Luego relacionamos las secuencias con una biblioteca de referencia para identificar las especies presentes en la escena. La recopilación de ADNe es un método no invasivo para estudiar la biodiversidad y monitorear los ecosistemas, lo que nos permite rastrear la presencia de especies sin observación directa ni perturbaciones.
Pero, ¿qué es exactamente el ADNe? ¿Nos ayudaría la respuesta a recolectar ADNe del medio ambiente de manera más efectiva y trabajar mejor con él en el laboratorio?
Decidimos averiguarlo.
ADNe en el mar
Su nombre podría sugerir que el ADNe son simplemente fragmentos desnudos (sin ninguna cubierta) de ADN que flotan libremente en el medio ambiente, pero la respuesta es más compleja.
La Dra. Haylea Power es científica investigadora del Environomics Future Science Platform. Ella nos informó que el ADNe nunca ha sido bien caracterizado.
"Sabemos cómo recolectar ADNe y trabajar con él en el laboratorio, pero nunca supimos exactamente con qué estábamos trabajando físicamente", dijo Haylea.
"Creemos que este conocimiento sería útil para recolectar ADNe de manera más efectiva. También podría ayudarnos a detectar especies que han resultado difíciles de detectar usando esta técnica, tal vez porque su ADNe no está en la forma física que pensábamos".
El equipo de Haylea recogió agua de mar de la piscina de Mettam, una laguna en Perth, Australia Occidental. Luego filtraron el agua a través de papel de filtro para separar el ADNe presente en el agua.
En lugar de utilizar un papel de filtro de tamaño estándar, el equipo filtró el agua de mar a través de una serie de papeles de filtro. Esto les permitió separar partículas desde 80 micrómetros hasta partículas de menos de 0.22 micrómetros. (A modo de comparación, el papel de impresora de oficina tiene un grosor de unos 100 micrómetros y el plástico transparente tiene un grosor de unos 10 micrómetros).
Utilizaron microscopía para visualizar las partículas atrapadas por los papeles de filtro de diferentes tamaños. A continuación, analizaron el ADNe de cada filtro para comparar las especies detectables. El artículo, "¿Qué es el ADN ambiental (ADNe)?", se publicó en la revista Environmental DNA.
¿De qué está hecho el ADNe?
El equipo descubrió que el eDNA no son sólo fragmentos de ADN que flotan en el mar.
"El ADNe está presente de diferentes formas en el agua de mar", dijo Haylea.
"Puede estar incrustado en células individuales, fragmentos de tejido, organismos microscópicos completos y agregados de estos materiales incrustados dentro de biopelículas".
Es importante destacar que el equipo descubrió que la elección del tamaño del filtro puede afectar los resultados de la investigación que utiliza eDNA. Esto se debe a que el tamaño óptimo de los poros del filtro difiere para los distintos tipos de seres vivos.
"El tamaño de poro óptimo para los peces era de 5 micrómetros, pero para las bacterias era de 80 micrómetros", dijo Haylea.
"Esto fue una sorpresa porque las bacterias son pequeñas en comparación con los peces.
"Si elige el tamaño de filtro incorrecto, puede filtrar accidentalmente grupos enteros de especies. Esto significa que hay un gran margen para mejorar la forma en que recopilamos eDNA de entornos marinos y cómo trabajamos con él en el laboratorio.
"Será útil saber que se pueden seleccionar diferentes tamaños de filtro para diferentes grupos de formas de vida.
"En el futuro, nos gustaría leer el eDNA en una cucharada de agua de mar y no simplemente terminar con una lista de las especies presentes. El objetivo final es que el eDNA resulte en una mejor gestión del medio marino".
Fuente: https://www.csiro.au/en/news/All/Articles/2023/December/What-is-eDNA
