La falta de participación dentro de la etapa estatal, al no haber trabajo en los municipios, provoca que exista un reducido grupo de futbolistas que sirvan para conformar representativos con calidad, y en la femenil sólo el Club Galeana fue el que alzó la mano y calificó directo al no tener rivales.

El equipo femenil que calificó se presentó en la cancha de la Universidad Autónoma del Estado de Morelos (UAEM), con un triunfo sobre Guerrero por cuatro a cero, luego derrotó 2-1 al Distrito Federal y finalizó superando a Tlaxcala cuatro goles a cero.

En la varonil 2000-2001, se inició el camino a la calificación con una victoria sobre Distrito Federal por marcador de 2-0 y el mismo viernes se doblegó al Instituto Politécnico Nacional por 9-0. Esto animó al conjunto morelense que en su tercer compromiso venció 1-0 a Tlaxcala, con lo que acabó por obtener el pase ante Guerrero al que derrotó 2-0.

El seleccionado varonil de la categoría 98-99 finalizó su actuación derrotando a Guerrero en la sede del Miraval, con lo que compartió el primer lugar con dos equipos más con las mismas unidades, Tlaxcala y Distrito Federal que al final calificó por la mejor diferencia de goles. A Morelos le faltaron dos para lograr el boleto, después de que ganó su primer encuentro en ronda de penales ante el Distrito Federal y perdió ante Tlaxcala. Aunque se está en espera de la resolución de un reporte en contra de los capitalinos.

En la 93-95 de la femenil, se dio una goleada al Politécnico Nacional de 20-0, pero el que se llevó el boleto fue Tlaxcala que derrotó al Distrito Federal en penales, luego de un empate sin goles; antes derrotó a Guerrero por 4-0 y a Morelos 2-1, que tenía aspiraciones al haber iniciado con una victoria de 5-1 ante el Distrito Federal.

La categoría 2000-2001 perdió todas las posibilidades de poder calificar por perder 2-0 con el Distrito Federal, luego de que tuvo un buen inicio al superar 9-0 a Guerrero, y en la 98-99 calificó Distrito Federal luego de haber superado a Morelos en el primer partido en penales, después de la igualada a un gol, y vencer a Guerrero.