De acuerdo con lo analizado en el Consejo Universitario en el mes de junio, la organización de la UAEM estará constituida por las escuelas, facultades y centros de investigación, los cuales para efectos de la Ley Orgánica y del Estatuto Universitario, constituirán la unidad académica.

Las unidades académicas estarán agrupadas y coordinadas a través de los institutos, en los cuales se promueve el desarrollo equilibrado entre ellas, sin que esto limite la interacción entre los diferentes institutos para el cumplimiento de los fines sustantivos de la universidad.

La estructura de organización de la UAEM puntualiza que el instituto será la instancia conformada por las unidades académicas agrupadas en torno a una o varias áreas del conocimiento; las cuales desarrollarán las dimensiones del Modelo Universitario. Esta instancia permitirá a su vez optimizar y conjuntar los recursos materiales y financieros con el capital humano, para lograr así el cumplimiento de las finalidades planteadas en el artículo 3 de la Ley Orgánica y el Plan Institucional de Desarrollo.

Bajo este contexto la escuela será la unidad académica conformada por alumnos, trabajadores académicos y administrativos, en la que se desarrollan e imparten los planes y Programas Educativos (PE) de los niveles de bachillerato, propedéutico y bivalente, y licenciatura. La facultad será la unidad académica conformada por alumnos, trabajadores académicos y administrativos, en la que se desarrollan e imparten los planes y Programas Educativos de tipo superior en sus niveles de licenciatura y posgrado, ya sea especialidad, maestría o doctorado.

El centro de investigación será la unidad académica integrada por trabajadores administrativos y académicos principalmente de tiempo completo, en donde se realiza de manera preponderante la generación y aplicación innovadora del conocimiento. Mediante la participación de sus profesores investigadores de tiempo completo, los centros interactúan con los programas educativos y académicos de los institutos.

El Consejo Universitario estableció que la definición del ámbito de competencia de las unidades académicas, permitirá establecer los alcances de su participación en la formación, generación y aplicación innovadora del conocimiento, en la vinculación y comunicación con la sociedad y en la gestión. Con base en lo anterior, el instituto es una entidad que coordina y organiza conjuntamente con las unidades académicas las cuatro dimensiones del Modelo Universitario, los cuales sustituirán a las dependencias de educación superior que actualmente constituyen la estructura académica operacional de la institución.