Además de Zacatepec Siglo XXI, Correcaminos y Cimarrones de Sonora no tendrán actividad por el próximo semestre en el certamen copero.

Los equipos considerados para la Copa MX Clausura 2016 fueron un total de 24 clubes, de los cuales 11 son de la Liga MX y 13 equipos del Ascenso.

De los 18 equipos que integran la Liga MX no fueron considerados los cuatro clubes que competirán en la Liga de Campeones de Concacaf 2015-2016 (América, Tigres, Santos  y Gallos Blancos de Querétaro) y a los tres equipos que participarán en la Copa Libertadores de América, que serán los que ocupen los dos primeros lugares de la tabla general al concluir el Torneo Apertura 2015.

Los anteriores se le sumaron a Puebla, campeón de la Copa MX Clausura 2015.

Mientras que en el Ascenso MX fueron tomados en cuenta los 13 primeros lugares en la tabla de la clasificación general del Torneo Apertura 2015.

Liga MX:

León

Jaguares

Veracruz

Monterrey

Monarcas

Guadalajara

Pachuca

Cruz Azul

Atlas

Club Tijuana

Dorados de Sinaloa

Ascenso MX:

Lobos BUAP

FC Juárez

Alebrijes

Mineros de Zacatecas

Murciélagos FC

Atlante

Cafetaleros de Tapachula

Leones Negros

San Luis

Necaxa

Coras FC

Celaya FC

Venados FC