De acuerdo con el Sistema Nacional de Alerta de Violación a los Derechos Humanos de la CNDH, el estado de Morelos subió del lugar 21 al 19 nacional, al aumentar el número de quejas contra dependencias federales.
De las 94 quejas, el órgano desconcentrado de prevención y readaptación social de la Secretaría de Seguridad Pública Federal concentra el mayor número de quejas al acumular en el periodo de enero a abril de 2012 un total de 20 quejas (21.27 por ciento) por omitir atención médica a internos del Ceferepsi, realizar acciones contra personas privadas de su libertad, omitir otorgar la libertad preparatoria yla remisión parcial de la pena o tratamiento preliberacional.
Le sigue la Secretaría de la Defensa Nacional con 14 quejas (14.87 por ciento) por no cumplir con las formalidades para la obtención y ejecución de órdenes de cateo o visitas domiciliarias; trato inhumano, cruel o degradante; detenciones arbitrarias e intimidación; y apoderarse de un bien de manera ilegal.
La Procuraduría General de la República y la Policía Federal acumularon 21quejas (22 por ciento) por ejercicio indebido del servicio público; trato cruel, inhumano o degradante; violencia durante la detención y omitir procedimientos previstos en la Ley para Adolescentes en la detención de menores de edad.
El Instituto Mexicano del Seguro Social y el Instituto de Seguridad y Servicios Sociales para los Trabajadores al Servicio del Estado (ISSSTE) acumularon un total de 13 quejas, principalmente por negligencia médica, por omitir las peticiones de los derechohabientes, negar el servicio médico y no implementar la infraestructura necesaria para prestar servicios.
Otras autoridades federales que enfrentan quejas en Morelos ante la CNDH son las delegaciones de la Secretaría de Desarrollo Social, la Comisión Federal de Electricidad, la Procuraduría Federal del Consumidor, la Comisión Nacional del Agua, el Registro Agrario Nacional, la Secretaría de la Reforma Agraria, la Junta Federal de Conciliación y Arbitraje y la Secretaría de Hacienda y Crédito Público.